IBD: dalla metagenomica ai nuovi approcci terapeutici

Durante la nascita e nei primi giorni di vita, il tratto gastrointestinale (GI) inizia a essere colonizzato da specie microbiche che costituiscono il microbiota intestinale, dove coesistono in un equilibrio dinamico, interagendo attivamente con l’ospite.

Nei neonati, tale composizione dipende dalla modalità del parto o dalla modalità di alimentazione ed è ereditata dalla madre, il cui ceppo dominante viene trasferito al bambino e popola temporaneamente l’intestino durante la nascita. Entro i primi 3 anni, il bambino continua a ottenere microbi da fonti materne. Il microbiota cambia fino all’età adulta quando raggiunge una maggiore stabilità, almeno in condizioni sane. Tuttavia, l’ambiente, la dieta, le abitudini quotidiane e i trattamenti antibiotici influenzano questa stabilità, modulando la composizione del microbioma per tutta la durata della vita e influenzando infine l’ospite nella salute e nella malattia.

Il microbiota intestinale ha effetti favorevoli sulla nostra salute. Ad esempio, è stato dimostrato che le specie appartenenti ai generi Bifidobacterium e Lactobacillus proteggono gli enterociti da una risposta infiammatoria acuta che contrasta le infezioni enteropatogene. Inoltre, il microbiota assicura l’omeostasi intestinale modulando le funzioni immunitarie e contribuisce all’assorbimento dei nutrienti dal cibo, a volte cooperando con l’ospite per il loro metabolismo. Pertanto, l’interruzione dell’equilibrio tra il microbiota intestinale e l’ospite può portare a condizioni patologiche come la malattia infiammatoria intestinale (IBD).

Oltre ai batteri, il microbiota comprende lieviti, archaea, protisti e virus, attori trascurati nel microbiota associato alla malattia infiammatoria intestinale. In passato, una grande limitazione nello studio della composizione del microbiota era la bassa sensibilità delle tecnologie di sequenziamento ed erano pochi gli approcci computazionali sufficienti per analizzare a fondo l’intero microbioma. Tuttavia, le nuove tecnologie all’avanguardia nel sequenziamento degli acidi nucleici, l’analisi dell’omica e le innovative pipeline di statistiche e bioinformatica hanno reso possibile la metagenomica più sensibile e accurata, identificando in definitiva nuovi attori dell’infiammazione intestinale, inclusi virus procariotici ed eucariotici, che insieme formano il viroma intestinale.
I risultati saranno utili per lo sviluppo di nuove terapie ed efficaci  non solo per trattare i sintomi, ma anche per contrastare la causa primaria dell’infiammazione intestinale cronica.